No obstante el apoyo general al proceso de negociaciones para alcanzar la paz mostrado en diferentes ocasiones, el movimiento indígena también remitió a las partes -ya en el mes de febrero de 2016- una serie de exigencias para que fuesen tomadas en cuenta en las mesas de diálogo. Las principales fueron:
1) La implementación de las conocidas como zonas transitorias de normalización donde, según el documento, se ubicarán los integrantes de las FARC, debe hacerse fuera de los territorios indígenas.
2) Cualquier medida derivada de los acuerdos de La Habana que afecte a los territorios indígenas no puede llevarse a cabo sin realizar la debida consulta y contar con el consentimiento de las comunidades y pueblos afectados.
3) Debe ser reconocido efectivamente el derecho a la autodeterminación de los pueblos indígenas, siendo ellos, sus autoridades y sus organizaciones los responsables de implementar la paz y la reconciliación en sus territorios.
4) Es necesario brindar las garantías y las condiciones reales para la reparación de los pueblos indígenas afectados por el conflicto armado.
5) Cabe generar e incluir un debate profundo sobre el modelo económico y la política minero-energética en los territorios indígenas, reconociendo que la paz para los pueblos indígenas significa el respeto y la armonía con la Madre Tierra.
(Ver Declaración de la Organización Nacional Indígena de Colombia -ONIC- sobre el proceso de negociación de los acuerdos de paz).
Durante la última fase de las negociaciones, y aun teniendo presente que la metodología no era la más adecuada para la participación, las organizaciones indígenas que confluyen en la Mesa Permanente de Concertación (la Organización Nacional Indígena de Colombia – ONIC, la Organización de los Pueblos Indígenas de la Amazonía Colombiana – OPIAC, la Confederación Indígena Tayrona – CIT, Autoridades Indígenas de Colombia – AICO “Por la Pacha Mama” y las Autoridades Tradicionales Indígenas de Colombia – Gobierno Mayor) decidieron viajar a La Habana para ratificar su posición política y garantizar el respeto de los derechos humanos y el establecimiento de cláusulas de salvaguarda para su cumplimiento.